以原有的五軍都督府為根本改組。
如許一來，黃得功的雄師直接以調任為名義換防江西九江南昌一帶，同安慶和廬州一帶的劉方亮一起從東麵和南麵兩個方向防備左良玉部。
而福建之地，朱由檢便調任本身的隨扈南下親信申佳允為福建總督，福建總兵天然是鄭芝龍。
大明天子親身任大元帥。
同時，十二個戰區的批示長官即總兵和總督也直接向大元帥府賣力。