萬曆很有些小聰明，製衡把握的機謀手腕也學了很多，他之以是拿不定主張，便是因為內閣中申時行、餘有丁都和江陵黨有所乾係，申時行耐久作為張居正的助手，而餘有丁也是張居正病重期間保舉為禮部尚書兼文淵閣大學士、參與機務，這都有點犯萬曆的忌諱。